La via prende il nome dall'omonima istituzione finanziaria sorta in epoca napoleonica per gestire il debito pubblico. Aveva sede all'odierno civico 12. Caduto il Regno d'Italia, la gestione di quest'organo passò agli austriaci protagonisti della Restaurazione, ma la via non mutò il proprio nome.
Via Monte Napoleone segue l'antico tracciato delle mura romane, che a loro volta seguivano il corso del Seveso, che tutt'ora scorre come Grande Sevese tombinato sotto il manto stradale, sul lato dispari della via.